이석기는 1990년대 후반 '김일성 주체사상'을 지도 이념으로 한 민혁당의 지도급 조직원이었다. 민혁당은 김영환·하영옥·박모씨 등 3인을 중앙위원으로 하고 중앙위 산하에 경기남부위원회, 영남위원회, 전북위원회를 뒀는데, 이석기는 경기남부위원장을 맡았다. 그는 2002년 5월 민혁당 간첩 사건에 연루되어 수배가 되었다가 체포되었다. 2003년 3월 국가보안법의 반국가단체구성 등 위반으로 징역 2년 6월형을 선고받았다. 이석기 본인은 방송 인터뷰를 통해 "당시 수배중이라 (민혁당에) 가담해 활동한 적이 없다"고 밝혔다.


2003년 3월 징역형을 선고받았을 때 대법원에 상고했으나 6일만에 이를 취하하고 형을 받아들였으며, 5개월 뒤 2003년 8월 광복절 특사 때 가석방 되었다. 이를 두고 청와대나 법무부 측에서 그를 사면해 주겠다는 언질을 미리 준 게 아니냐는 의혹이 일었다. 2년 뒤 2005년 광복절 특사 때 특별복권을 받아 공무담임권 및 피선거권 제한이 풀리면서 공직에 출마할 자격을 되찾았다. 당시 사면 가이드라인 작성자는 2003년, 2005년 공히 청와대 민정수석 문재인이었으며 실무 집행자는 2003년 강금실, 2005년 천정배였다.